学院设有基础部、政治系、装备系统与自动化系、信息与通信工程系、航海系、舰载武器系、作战指挥系、军事海洋系、海测工程系、社会科学部、外训系、接改装训练大队、研究生管理大队、学员旅、海上实习中心等15个教学实体，共46个教研室，12个实验中心，5个研究中心。