保护生物学学院（Faculty of Conservation Biology, FCB）的前身为森林保护系（1983年成立），2001年学校院系调整时成为西南林学院独立的二级分院。主要从事保护生物学，有害生物综合治理，生物与仿生农药的开发研究，森林、花卉、草坪等植物的病虫害防治，消防工程（包括森林消防和城市消防），生物多样性保护，濒危物种保护，野生动植物保护与利用，自然保护区综合科学考察以及自然保护区管理及其规划，生物多样性保护及自然保护公众意识教育等方面的人才培养和科研工作。
　　保护生物学学院现有森林保护学及野生动植物保护与利用两个省级重点学科，目前招生的专业有：野生动植物与自然保护区管理、森林资源保护与游憩（森林保护方向）、植物保护、消防工程、动物科学等五个本科专业和森林防火一个专科专业。现有森林保护学和野生动植物保护与利用两个硕士点，其中森林保护学硕士点为1980国务院第一批批准的硕士点，是西南林学院历史最为悠久的硕士点之一。
　　学院目前在册教职工48名，其中教授10名，副教授10名(不包括其它教学部门兼职人员)，讲师13名，助教11名，教辅人员4名，博士研究生导师2名，硕士研究生导师19名，具有博士学位者8名，具有硕士学位者25名（其中在读博士8名），享受政府特殊津贴者6人，是西南林学院师资力量最为雄厚的分院之一。
　　自1983年建立森林保护系（保护生物学学院的前身）以来到2003年底，已为社会输送合格本、专科毕业生约2300多名，硕士研究生76名。
　　在科研方面，曾经主持和参加了几十项国际合作、国家级、省级以及横向合作项目。1998年至2001年间，完成主要科研究项目18项，其中国际合作项目3项，国家、省部级项目14项。近五年来，学院科研成绩斐然。在各级各类刊物上发表论文200余篇，其中在核心期刊上发表论文90篇；在获省部级以上科研奖励22项，如“云南主要林木病害及防治研究”获1996年云南省科技进步一等奖，“紫茎泽兰综合控制技术推广”获1999年国家科技进步三等奖；科技推广项目经济效益显著。多年来，保护生物学学院在自然保护区综合考察、保护区管理和技术培训做了大量工作，取得了可喜的成绩。比如，本分院曾经参加或主持了大围山、铜壁关、丽江老君山等10余个国家级自然保护区综合科学考察和申报。
　　保护生物学学院下设昆虫学教研室、植物病理与微生物学教研室、有害生物控制教研室、野生动物保护教研室、消防工程教研室、动物科学教研室等6个教研室。拥有3个综合实验室（动物学综合实验室、植物保护综合实验室、消防工程综合实验室），实验室建设完善，配备有相关教学和研究所需的各种精密仪器。还拥有昆虫标本室1个，植物病理标本室1个，野生动物标本室1个。
　　学院贯彻国家教育方针，遵循教育规律，以提高学生综合素质为宗旨，积极探索具有时代特色和自身特色的办学思想和方法。在知识传播过程中，突出培养学生的创新意识，提高学生发现问题、分析问题和解决问题的能力以及交流和合作能力，造就“德、智、体、美、劳”全面发展的复合性人才。
　　保护生物学学院未来的发展目标是：为了满足西南地区生物多样性保护、生态建设和生态安全的人才需求，促进生态保护与可持续发展的实践与科研教育事业的发展，学院围绕以动物为主的动植物保护与利用、自然保护区规划与管理、有害生物控制与生态健康、森林防火、生物多样性保护意识教育开展专业与学科建设，以本科教育为中心，研究生教育为重点，将学院建成在国内外有影响的教学研究性学院。