医学院临床医学专业是医学院创办最早的专业，于1978年开始招生。该专业在联合国世界卫生组织（WHO）注册，毕业生可直接申请参加世界各国的临床医生执业注册考试。约50%的学生来自香港、澳门、台湾和海外华侨。30多年来临床医学专业培养出本科毕业生3000多人。近4年来我校临床医学专业的学生参加全国临床医学技能大赛3次荣获3等奖，而且以张汉明、李展润等为代表的毕业生已成为港澳地区杰出的医学人才。近年来毕业生一次性就业率85%以上，除石牌校区本部班外，2010年本专业在附属深圳医院（深圳人民医院）举办了深圳班，2011年又与广东省第二人民医院合作举办了省二医班。

在建系初期，引进了一大批全国知名的专家和学者，如：罗潜、李楚杰、任邦哲、何凯宣、邝公道、朱师晦、郁知非、张爱诚、李辰和黄爱廉等。经过多年的建设，目前已形成“学士－硕士－博士－博士后”完整的高等医学人才培养体系和医学科研体系。其中临床医学为一级学科博士点和专业学位博士点。三级甲等附属医院由1个也发展到了7个，且拥有3个省部级重点学科（病理学与病理生理学、眼科学、血液病学）、1个省部级重点实验室（病理生理学实验室）、2个国家重点专科和5个广东省医学特色专科。2009年临床医学专业被评为教育部特色专业，2012年入选首批教育部和卫生部卓越医生计划。

临床医学系近几年来引进了一批海内外高层次人才，下属有9个基础系（教研室），教职工108人，其中教师系列具有博士学位的达90%以上，高级职称达90%，有省级教学名师1人，南粤优秀教师2人。

现临床医学系有1门国家级精品课程，3门省级精品课程，12门校级精品课程。近3年获973课题2项，863子课题1项，国家自然基金重大计划培育项目1项，国家自然基金项目53项。被SCIE收录的论文有271篇。主办的国家级自然科学核心期刊—《中国病理生理杂志》，连续5年荣获中国百种杰出学术期刊奖。2011年临床医学专业进入ESI领域全球排名1%的行列。