南京中医药大学毕业生就业率稳定保持在95%以上。学校十分重视大学生创业发展，2010年被评为江苏省大学生创业教育示范校，2012年被评为江苏省首批大学生创业示范基地，2014年建成南京市大学生就业创业指导站，2015年入选全国“大学生KAB创业教育基地”。