应用化学专业依托南京大学化学化工学院办学，设有现代分析技术与药物合成与药物分析两个培养方向。该专业拥有的“化学实验教学中心”教学条件达到国内一流水平。该专业在江苏省独立学院专业建设抽检中名列全省第一。学生曾多次在江苏省大学生化学化工实验竞赛中取得优异成绩，位列独立学院第一。