改革触犯了统治阶层的根本利益；明朝的财政已经积贫积弱很久了；明朝不仅在经济上有严重的亏损问题，军事和政治上等各方面都是如此；保守派的声音盖过了以张居正为首的改革派。由于新政实行的时间较短，改革初见成效时，便被统治阶级喊停了。
张居正改革失败的原因
根本原因，张居正推行的改革触犯了统治阶层的根本利益。张居正推行的税收政策为一条鞭法，收取税收时，按每户的人头来收取，即是摊丁入亩。这样一来，张居正在缓解农民和土地的矛盾之时，贵族阶层他们便失去很多从中谋利的机会。当张居正的改革正在施行时，眼看自己的利益逐渐被剥夺了，他们便召集贵族阶层对张居正的新政实行阻挡，张居正的新政便夭折了。
直接原因，明朝的财政已经积贫积弱很久了。在嘉靖和隆庆年间已是如此，张居正的改革需要的是一个长期的过程。除此之外，明朝不仅在经济上有严重的亏损问题，军事和政治上等各个方面都是如此。明朝的官兵很多，每年老百姓要交更多的税来供养这些官兵，国家在粮食存储方面也大大不如从前。
加上，明朝廷拥护张居正推行改革只有冯保和李太后，加上朝廷中，保守派的声音盖过了以张居正为首的改革派，在张居正改革的过程中，遇到了很多的阻碍，导致新政在施行过程中，难度很大。
张居正改革的内容
政治方面，张居正大力整顿吏治，加强内阁权力。
军事方面，张居正重视边防，他认为“当今之事，其可虑者莫重于边防，庙堂之上，所当日夜图画者，亦莫急于边防。
财政方面，是张居正改革的重点。针对豪强地主拖欠田赋的情况，张居正首先清理“通欠”，规定“自隆庆改元以前通租，悉踢蠲除，四年以前免三征七”，命地方官严厉限期追缴，并以此作为考核官吏的标准。
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