制药工程专业课程有生物化学、有机化学、物理化学、化工原理、药物合成化学、制药工艺学、药物化学、药理学、药剂学。结合我国5000家左右的医药企业，制药工程就业前景非常广阔。学生毕业后可到制药工程(或医药生物技术)领域相关的生产企业、营销企业、科研院所、药品监督管理部门等工作。
制药工程专业主修课程
主要课程：分子生物学、微生物学、细胞生物学、遗传学、分子生物学、动物学，生理学，组织学，植物分类学，植物生理学等等。其他的像基因工程，发酵工程，生物技术制药，生态学各个学校有所差异。
至于非生物类的课程的话，英语那是必须的。还有政治经济学，哲学，毛泽东思想概论，邓小平理论与三个代表，基础物理，高等数学，有机化学，无机及分析化学。
还有大量的实验，几乎每门专业课程都有实验的。物理化学课也是有实验的。
制药工程专业
医药产业已成为世界经济强国竞争的焦点，世界上许多国家都把建立医药品工业视为国家强盛的一个象征。新药的不断发现和治疗方法(如基因研究)的巨大进步，促使医药工业发生了非常大的变化。
因此，无论是药品，还是过程技术都需要新型制药工程师，这类人才掌握最新技术和交叉学科知识、具备制药过程和产品双向定位的知识及能力，同时了解密集的工业信息并熟悉全球和本国政策法规。
正如前面已经提到的，2003年中国制药企业共5082家，生产药品的工业企业约3000家，生化制药企业300余家，其中现代生物制药企业47家;生产中药(包括天然药物)产品的企业约1600家，其中专门生产中药(包括天然药物)产品的155家。另外，还有药品批发企业16.7万多家，药品零售企业12万家，医疗机构6万家。这些企业都对制药工程专业人才有较大的需求量。
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