在《海底两万里》中,尼摩船长的结局是尼摩船长制造了鹦鹉螺号潜艇,并驾驶着潜艇从南极到北极,从太平洋到大西洋,他几乎去过了海洋上的每一个角落。最后,尼摩船长和鹦鹉螺号潜艇一起沉到海底了,他在临终之前将遗产留给了六个年轻人。
尼摩船长利用鹦鹉螺潜艇袭击了侵略自己祖国的英国侵略者,他将海底打捞上来的巨额财富,援助了一直被压迫的民族和贫穷的民众,并一直支持他们并为了争取独立进行正义的斗争。
当祖国沦为殖民地后,他带领着很多志同道合的人一起潜入海底,用不满的言论和反抗的行动,唤醒被压迫民族民众的意识。他一直在在大海上航行,却一直关注着世界政治的发展。
隐居在林肯岛的尼摩船长一次又一次的帮助流落在这座荒岛上的六位年轻人。后来,他将自己的遗产交给了这六个年轻人,并随着鹦鹉螺号沉入了海底。
结局:阿龙那斯教授和他的扑人与加拿大鱼夫一起用备用小艇跑出了潜水艇,但给漩涡卷走,后来被佛罗单岛的渔民救起,尼摩以为他们死了。至于尼摩船长,在后来的《神秘岛》中,病死在一个小岛上了。
小说主要讲述了博物学家阿龙纳斯、其仆人康塞尔和鱼叉手尼德·兰一起随鹦鹉螺号潜艇船长尼摩周游海底的故事。