生物体内的有机物在细胞内经过一系列的氧化分解，最终生成二氧化碳、水或其他产物，并且释放出能量的总过程，叫做呼吸作用。
有氧呼吸三个阶段公式
第一阶段 C6H12O6酶→细胞质基质=2丙酮酸+4[H]+能量（2ATP）【大学里4[H]是2个NADH和2个H+】
第二阶段 2丙酮酸+6H₂O酶→线粒体基质=6CO₂+20[H]+能量（2ATP）
第三阶段 24[H]+6O₂酶→线粒体内膜=12H₂O+能量（34ATP）
总反应式 C6H12O6+6H₂O+6O₂酶→6CO₂+12H₂O+大量能量（38ATP）
无氧呼吸公式：
酒精发酵：C6H12O6→酶→2C2H5OH+2CO2+能量（少量）
乳酸发酵：C6H12O6→酶→2C3H6O3能量（少量)
（箭头上标：酶）
有氧呼吸公式：C6H12O6+6H₂O+6O₂酶→6CO₂+12H₂O+38ATP
有氧呼吸主要在线粒体内，而无氧呼吸主要在细胞基质内.
有氧呼吸需要分子氧参加，而无氧呼吸不需要分子氧参加
有氧呼吸分解产物是二氧化碳和水，无氧呼吸分解产物是：酒精和CO₂或者乳酸
有氧呼吸释放能量较多，无氧呼吸释放能量较少.
无氧呼吸和有氧呼吸的过程虽然有明显的不同，但是并不是完全不同。从葡萄糖到丙酮酸，这个阶段完全相同，只是从丙酮酸开始，它们才分别沿着不同的途径形成不同的产物：在有氧条件下，丙酮酸彻底氧化分解成二氧化碳和水，全过程释放较多的能量；在无氧条件下，丙酮酸则分解成为酒精和二氧化碳，或者转化成乳酸，全过程释放较少的能量。
有氧呼吸方程式
第一阶段 ：糖酵解（反应场所：细胞质基质）
①：1 葡萄糖+2ADP+2Pi +2[NAD] → 2丙酮酸+2[NADH+H+]+2ATP
第二阶段 ：柠檬酸循环（三羧酸循环）（反应场所：线粒体基质）
②：2丙酮酸+2[NAD]+2辅酶A → 2乙酰CoA+2[NADH+H+]+2CO2
③：2乙酰CoA+6H2O+6[NAD]+2[FAD]+2ADP+2Pi →2 辅酶A+6[NADH+H+]+2FADH2+2ATP+4CO2
第三阶段 ：氧化磷酸化（电子传递链）（反应场所：线粒体内膜）
④：28ADP+28Pi+10[NADH+H+]+2FADH2+6O2 → 28ATP+12H2O+10[NAD]+2[FAD]
注：
1.以上过程的方程式系数均以1分子的葡萄糖为原料。
2.关于ATP的生成数量。
1NADH → 2.5 ATP（旧数据是3ATP）；
1FADH2 → 1.5ATP（旧数据是2ATP）。
发生在细胞溶胶中的糖酵解和线粒体基质中的柠檬酸循环通过底物水平磷酸化共产生4个ATP。
糖酵解、乙酰CoA的形成和柠檬酸循环共产生2个FADH2 和10个NADH，所以换算为28个ATP。
总ATP为：28+4=32。
由于糖酵解发生于线粒体外，NADH必须进入线粒体内才能被氧化。有的细胞要利用相当于2个ATP的能量把NADH运入线粒体内，这样，所产生的ATP总数就是30而不是32了。但是许多细胞利用的是不需要消耗能量的办法将NADH运入线粒体内，所以产生的ATP总数仍然为32。所以一分子葡萄糖产生的ATP总数一般为30-32。
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