合肥工业大学比较好的专业是管理科学与工程，这个是国家重点一级学科。机械和电气也非常不错，这两个是国家重点二级学科。
重点专业
省级特色专业：生物技术、口腔医学、护理学、临床医学（康复医学）、卫生检验与检疫、公共事业管理、麻醉学等。
国家重点学科：管理科学与工程、机械设计及理论、电力电子与电力传动、农产品加工及贮藏工程，
安徽省重点学科：机械工程、机械制造及其自动化、思想政治教育、机械电子工程、矿床学、岩石学、矿物学、食品科学、计算机应用技术、工程力学、构造地质学、材料物理与化学等。
合肥工业大学所设专业
| 学院 | 专业 |
| 仪器科学与光电工程学院 | 测控技术与仪器 |
| 光电信息科学与工程 | |
| 生物医学工程 | |
| 机械工程学院 | 机械设计制造及其自动化 |
| 工业工程 | |
| 飞行器制造过程 | |
| 智能制造工程 | |
| 材料科学与工程学院 | 材料成型及控制工程 |
| 金属材料工程 | |
| 无机非金属材料工程 | |
| 材料物理 | |
| 粉体材料科学与工程 | |
| 电气与自动化工程学院 | 电气工程及其自动化 |
| 自动化 | |
| 智能电网信息工程 | |
| 机器人工程 | |
| 计算机与信息学院 | 计算机科学与技术 |
| 电子信息工程 | |
| 通信工程 | |
| 信息安全 | |
| 智能科学与技术 | |
| 化学与化工学院 | 化学工程与工艺 |
| 高分子材料与工程 | |
| 应用化学 | |
| 土木与水利工程学院 | 土木工程 |
| 水利水电工程 | |
| 水文与水资源工程 | |
| 给排水科学与工程 | |
| 建筑环境与能源应用工程 | |
| 测绘工程 | |
| 建筑与艺术学院 | 建筑学 |
| 城乡规划 | |
| 视觉传达设计 | |
| 环境设计 | |
| 风景园林 | |
| 工业设计 | |
| 广告学 | |
| 资源与环境工程学院 | 资源勘查工程 |
| 地理信息科学 | |
| 勘查技术与工程 | |
| 环境工程 | |
| 地下水科学与工程 | |
| 电子科学与应用物理学院 | 应用物理学 |
| 电子科学与技术 | |
| 微电子科学与工程 | |
| 管理学院 | 信息管理与信息系统 |
| 电子商务 | |
| 工商管理 | |
| 会计学 | |
| 市场营销 | |
| 经济学院 | 经济学 |
| 国际经济与贸易（国际金融与投资） | |
| 金融工程 | |
| 经济与贸易类（中外合作办学）（国际经济与贸易专业） | |
| 马克思主义学院 | 思想政治教育 |
| 法学 | |
| 食品科学与工程学院 | 生物工程 |
| 生物技术 | |
| 食品科学与工程 | |
| 食品质量与安全 | |
| 数学学院 | 信息与计算科学 |
| 数学与应用数学 | |
| 外国语学院 | 英语（国际贸易） |
| 软件学院 | 软件工程 |
| 汽车与交通工程学院 | 车辆工程 |
| 能源与动力工程 | |
| 交通工程 | |
| 交通运输 | |
| 生物与医学工程学院 | 制药工程 |
| 药学 | |
| 微电子学院 | 集成电路设计与集成系统 |
| 宣城校区机械工程系 | 机械工程 |
| 过程装备与控制工程 | |
| 宣城校区信息工程系 | 物联网工程 |
| 电子信息科学与技术 | |
| 宣城校区商学系 | 物流管理 |
| 英语（商务） | |
| 宣城校区化工与食品加工系 | 化学工程与工艺专业（高分子化工方向） |
| 化学工程与工艺专业（精细化工方向） | |
| 新能源材料与器件 |
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