自主招生高校只有90所,其中有77所院校针对全国进行招生,13所院校只针对本省进行招生。下面是具体自主招生院校名单，仅供参考，具体以招生简章为准。
全国90所自主招生高校
自主招生争议问题盘点
腐败现象严重
“校董”年捐100万“点招”指标成回报
有媒体调查发现，自主招生、艺术类招生及补录已成“特招”腐败的重灾区。一企业主称，他是某知名高校的校董，每年向这所高校捐100万。作为“回报”，学校每年招生会给一个“点招”指标，可以给自己的孩子、亲属用，也可送给生意伙伴或官员。自主招生沦为“点招”通道，尽管教育部已明令禁止“点招”，但记者调查得知，一些高校仍然会留出少量机动招生名额，对教职工子女、“校董”子女等实行特殊录取。
招生自主性难发挥
自主性是实施自主招生制度的本质要求，是落实大学招生自主权的现实体现。起初，教育部希望“试点学校根据创新人才选拔和专业培养需要，积极探索以统一考试录取为主、与多元化考试评价和多样化选拔录取相结合，学校自主选拔录取、自我约束，政府宏观指导、服务，社会有效监督的选拔优秀创新人才的新机制。”这一指导思想是对自主性的清晰解读，大学在自主招生中的功能角色一目了然。但是，因为多种原因大学在招考中的自主性未能充分发挥。
选拔缺乏科学性
考试招生是一项对科学性要求极强的工作。科学性在招考中主要体现在制度设计、招生目标和标准设定、综合招考选拔指标体系制定、命题和面试等环节。当前，有关自主招生科学性的问题突出表现在：第一，在制度设计下，考生要多次参加文化课考试。第二，由于招生院校的综合选拔体系尚未形成，致使招生院校试题的测试目标、测试的整体性、测试功能等颇受质疑。试题之间的关联度和相对独立性相对模糊，其所要测试的目标、知识结构、能力结构不够清晰。第三，招生院校尚且没有建立起一支专业化招考队伍。在试点自主招生制度后，国家级（教育部考试中心）一省级（省级招办）一校级（招生院校）三级考试招生体系日渐形成，大学也成为招生工作中的重要一级，但大学缺乏一支专业的考试招生专家队伍去承担报名、资格审查、命题、面试等之前未承担的工作。
公平与效率不足
如何兼顾公平与效率是自主招生改革的难题之一，也是被社会诟病较多的方面。自主招生中的公平问题：一是指机会公平，大学的自主招生报名条件明显有利于教育资源发达地区的学生。二是指微观层面的考试内容与形式对农村学生的不公平。三是指对自主招生监管不够，过程不够透明，暗箱操作、递条子、权钱交易等现象在一定范围内存在，危害自主招生公平。
诈骗分子混淆概念
一些没有国家统招资质的学校利用自主招生跟自考这两个概念来混淆学生。这些学校为了牟利，混淆自主招生跟自考的差别。首先，这是两种不相及的教学方式，一种是新时期选拔人才的方式，一种是社会助学的方式，两者之间有着天壤之别，虽然某些高校开设了自考，但是两者的根本性质还有特点是完全不同的，也不能等同。
时间限制
由于各个联盟考试时间可能冲突，使得考生对于学校的选择受到限制，被一些人认为是中国高校派系斗争的延续。也有人认为，这样的联考模式无法帮助高校按照自己独特的标准选拔优秀学生，与原先自主招生的初衷背道而驰。一些高校的招生办公室主任甚至坦言，加入联盟仅仅是为了避免被“边缘化”。自主招生制度原本是改变“一考定终身”的弊端，但现在却演变成争抢优秀生源的大战。不少考生为报名参加高校的自主招生常常缺课，四处报辅导班，以应对招生高校的笔试和面试，花费了过多的精力，占用了过多的时间，影响了正常的学习秩序。根据媒体报道，2011年部分中学因为参加自主招生考试而缺课学生太多而宣布停课。
城乡差异
此外，亦有人指出，自主招生制度对农村学生不公平，农村学生缺少被自主招生的机会，农村学生更难得到自主招生的信息，远赴外地参加考试的成本，让农村学生难以承担，面试对农村学生也极其不利。通过自主招生进入大学的农村考生人数远低于城市考生。农村考生在自主招生制度下，常常是处于劣势的一方。国家教育本应该向农村地区倾斜的，自主招生制度所带来的政策的不公平反而越来越多，只会加大教育的城乡差距。
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