清华大学设有20个学院、58个系，开办覆盖理学、工学、文学、历史学、哲学、经济学、管理学、法学、医学和艺术学等10个学科门类共80个本科专业，15个第二学士学位专业。
清华大学院系及专业设置
| 专业 | 院系 |
|---|---|
| 建筑学、城乡规划、风景园林、建筑环境与能源应用工程 | 建筑学院 |
| 土木工程、工程管理、交通工程、水利水电工程、水利科学与工程 | 土木水利学院 |
| 环境工程、环境工程（全球环境国际班）、给排水科学与工程 | 环境学院 |
| 机械工程、机械工程（实验班）、测控技术与仪器、微机电系统工程、车辆工程、车辆工程（汽车造型与车身设计方向）、工业工程、能源与动力工程 | 机械工程学院 |
| 能源与动力工程、工程力学、工程力学（钱学森力学班）、航空航天工程、航空航天工程(飞行员班) | 航天航空学院 |
| 电气工程及其自动化、电气工程及其自动化（能源互联网） | 电机工程与应用电子技术系 |
| 电子信息科学与技术、电子信息工程、电子科学与技术、微电子科学与工程、自动化、软件工程、计算机科学与技术 | 信息科学技术学院 |
| 计算机科学与技术（计算机科学实验班） | 交叉信息研究院 |
| 工程物理、工程物理（能源实验班）、核工程与核技术 | 工程物理系 |
| 高分子材料与工程、化学工程与工业生物工程 | 化学工程系 |
| 材料科学与工程 | 材料学院 |
| 数学与应用数学、信息与计算科学、数理基础科学、物理学、应用物理学、化学、化学生物学、天文系 | 理学院 |
| 生物科学、生物技术 | 生命学院 |
| 行政管理 | 公共管理学院 |
| 信息管理与信息系统、会计学、经济与金融、工商管理、金融学、经济学 | 经济管理学院 |
| 经济学、社会学、国际政治、国际政治（国际事务与全球治理）、心理学、政治学与行政学 | 社会科学学院 |
| 哲学、历史学、汉语言文学、英语、英语（世界文学与文化实验班）、日语 | 人文学院 |
| 法学、法学（国际班） | 法学院 |
| 新闻学 | 新闻与传播学院 |
| 广告学、艺术史论、动 画、绘画、雕塑、摄影、中国画、艺术设计学、视觉传达设计、环境设计、产品设计、服装与服饰设计、公共艺术、工艺美术、数字媒体艺术、艺术与科技、陶瓷艺术设计、工业设计 | 美术学院 |
| 临床医学 | 医学院/北京协和医学院－清华大学医学部 |
| 临床医学、生物医学工程、药学 | 医学院 |
清华大学重点学科
清华大学一级学科国家重点学科：数学、物理学、生物学、力学、机械工程、光学工程、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、电气工程、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、建筑学、土木工程、水利工程、化学工程与技术、核科学与技术、生物医学工程、管理科学与工程、工商管理
清华大学二级学科国家重点学科：数量经济学、设计艺术学、专门史、分析化学、精密仪器及机械、环境工程
清华大学国家重点（培育）学科：物理化学
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