尽管商鞅变法整体上是应该肯定的，但其中某些内容对中国历史也产生了长期的恶劣的影响，本篇将介绍商鞅变法的影响和弊端。
影响
商鞅变法是中国古代一次成功的变革记为新发，他让秦国成为一个强大的国家，并且为以后秦国统一六国奠定了基础，而且确定了法治的思想。
商鞅吸取了李悝、吴起等法家人物在魏、楚等国实行变法的经验，结合秦国的具体情况，对法家政策作了进一步发展，后来居上，变法取得了较大的成效。
他进一步破除了井田制，扩大了亩制，重农抑商，奖励一家一户男耕女织的生产，鼓励垦荒，这就促进了秦国小农经济的发展。
他普遍推行了县制，制定了法律，统一了度量衡制，建成了中央集权的君主政权。
他禁止私斗，奖励军功，制定二十等爵制度，这有利于加强军队战斗力。
他打击反对变法的旧贵族，并且“燔《诗》《书》而明法令”，使变法令得以贯彻执行。
由于这一切，秦国很快富强起来，奠定了此后秦统一全中国的基础。
经过商鞅变法，秦国经济上，改变了旧有的生产关系，废井田开阡陌，从根本上确立了土地私有制；政治上，打击并瓦解了旧的血缘宗法制度，使国家机制更加健全，中央集权制度的建设从此开始；军事上，奖励军功，达到了强兵的目的，极大的提高了军队的战斗力，发展成为战国后期最强大的国家，为秦的下一步的战略发展创造了有利的条件，为统一全国奠定了基础。
弊端
“编民为什伍”和“连坐”法：商鞅为了加强管理和统治广大居民，规定分五家为一伍，两伍为什。又规定什、伍之内各家互相纠察，“不告奸者腰斩，告奸者与斩敌首同赏，匿奸者与降敌同罚。”这种使人民互相监视、互相告发从而使全体人民时刻处在互相猜疑的白色恐怖之中的做法，到王安石变法时演变为“保甲制度”，以后又被国民党所继承。到抗日战争时期，沦陷区的日本侵略者也实行保甲制度。
重农抑商政策。商鞅奖励耕织的政策固然没错，但他又规定凡从事末业（工商）者，全家没入官府，罚为官奴婢。这种重农抑商政策政策以后被历代封建统治者奉为金科玉律，即时在封建社会早期已无多少积极作用，到我国封建社会后期更是成为严重阻碍工商业发展的政策。
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