招收院校不同。单招是各省内的高职院校，只有极个别省份有本科院校，本科自主招生的院校都是重点大学。面向群体不同。本科自主招生主要是针对拥有特殊才能的学生，单招普通高中毕业生也可报考。
自主招生包括高职自主招生和国家重点大学自主招生，所以一些家长和学生混淆单招和自主招生的概念有其原因存在。一般来说，自主招生主要指国家重点大学自主招生，因此，这里主要是讲重点大学自主招生跟单招之间的区别。
单招在不同省份有不同的称呼，如广东叫做分类招生考试，山东称其为春季高考，但在本质上无区别，主要是经过教育部批准，由高等职业院校自行组织的一种统招录取方式。
院校层次。自主招生的院校都是重点大学，这些拥有自主招生资格的重点大学，大部分都可以在全国范围内自主招生，有少部分高校只能在本省内自主招生。
单招则是各省内的高职院校，只有极个别省份有本科院校会单招，或许随着时间推移，会有更多省份的本科院校有单招的情况出现，但目前来看，并未在全国范围内普及。
所面向群体有所不同。自主招生主要是针对拥有特殊才能的学生，普通学生的机会挺小的，比如说在作文类竞赛中获奖，如在新概念作文大赛中取得十分优异的成绩。
自主招生一般能够报考的学校和专业数量比单招多，如自主招生一般可以报考2所高校的多个专业，而单招基本上只能报考本省某所院校，当然，这里不包括联考。
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