种子萌发时胚根最先突破种皮。种子的主要结构是胚,胚由胚芽、胚轴、胚根、子叶四部分构成,胚根最先突破种皮,发育成植物的根。胚芽发育成茎和叶,胚轴伸长,发育成连接根和茎的部分。
种子是种子植物的胚珠经受精后长成的结构,一般有种皮、胚和胚乳等组成。胚是种子中最主要的部分,萌发后长成新的个体。胚乳含有营养物质。种子是裸子植物、被子植物特有的繁殖体,由胚珠经过传粉受精形成。
种子的大小、形状、颜色因种类不同而异。椰子的种子很大,油菜、芝麻的种子较小,而烟草、马齿苋、兰科植物的种子则更小。蚕豆、菜豆为肾脏形,豌豆、龙眼为圆球状;花生为椭圆形;瓜类的种子多为扁圆形。颜色以褐色和黑色较多,但也有其他颜色。例如豆类种子就有黑、红、绿、黄、白等色。种子表面有的光滑发亮、也有的暗淡或粗糙。