南京医科大学共有26个本科专业上榜,其中全国排名第一专业共有3个,全国前十专业达14个。南京医科大学优势专业有康复治疗学、卫生检验与检疫、医疗保险、精神医学、眼视光学、预防医学、临床药学、医学影像学、口腔医学以及医学检验技术专业等。为广大考生和家长在志愿填报中提供重要参考。

| 排名 | 专业名称 | 评级 | 排名范围 |
| 1 | 康复治疗学 | A+ | 前2% |
| 1 | 卫生检验与检疫 | A+ | 前二 |
| 1 | 医疗保险 | A+ | 前二 |
| 2 | 精神医学 | A+ | 前二 |
| 2 | 眼视光学 | A+ | 前二 |
| 3 | 生物统计学 | B | 前50% |
| 3 | 放射医学 | B | 前50% |
| 4 | 预防医学 | A | 前10% |
| 4 | 眼视光医学 | B+ | 前25% |
| 5 | 儿科学 | B+ | 前25% |
| 6 | 临床药学 | A | 前10% |
| 7 | 医学影像学 | A | 前10% |
| 7 | 口腔医学 | A | 前10% |
| 8 | 基础医学 | B+ | 前25% |
| 12 | 医学检验技术 | A | 前10% |
| 12 | 法医学 | B | 前50% |
| 13 | 护理学 | A | 前10% |
| 13 | 生物信息学 | B+ | 前25% |
| 15 | 临床医学 | A | 前10% |
| 15 | 医学影像技术 | B+ | 前25% |
| 20 | 药学 | A | 前10% |
| 20 | 智能医学工程 | B+ | 前25% |
| 21 | 应用统计学 | B+ | 前25% |
| 37 | 公共事业管理 | B+ | 前25% |
| 39 | 生物医学工程 | B | 前50% |
| 260 | 英语 | B | 前50% |
学科实力
南京医科大学的公共卫生与预防医学学科评估为A+,连续多年排名全国第一。此外,学校有14个学科进入ESI全球前1%,包括临床医学、药理学与毒理学等。在2025年软科医药大学排名中,南医大位列第四。
师资与科研
学校拥有7位两院院士及155位国家级高层次人才。科研平台包括生殖医学与子代健康全国重点实验室等,并在《Nature》、《Science》等顶级期刊发表多篇论文。