南京中医药大学共有35个本科专业上榜,其中全国排名前五专业共有15个,全国前二十专业达18个。南京中医药大学优势专业有中医康复学、中医养生学、中医儿科学、中药资源与开发、养老服务管理、中西医临床医学、中药学、中医学、针灸推拿学以及助产学专业等。为广大考生和家长在志愿填报中提供重要参考。

| 排名 | 专业名称 | 评级 | 排名范围 |
| 1 | 中医康复学 | A+ | 前二 |
| 1 | 中医养生学 | A+ | 前二 |
| 1 | 中医儿科学 | A+ | 前二 |
| 1 | 中药资源与开发 | A+ | 前二 |
| 2 | 养老服务管理 | A+ | 前二 |
| 3 | 中西医临床医学 | A | 前10% |
| 3 | 中药学 | A | 前10% |
| 3 | 药事管理 | B+ | 前25% |
| 3 | 中药制药 | B+ | 前25% |
| 4 | 中医学 | A | 前10% |
| 4 | 针灸推拿学 | A | 前10% |
| 4 | 助产学 | A | 前10% |
| 4 | 健康服务与管理 | A | 前10% |
| 5 | 医学信息工程 | A | 前10% |
| 5 | 眼视光学 | B+ | 前25% |
| 7 | 食品卫生与营养学 | B+ | 前25% |
| 8 | 药物制剂 | A | 前10% |
| 13 | 康复治疗学 | A | 前10% |
| 21 | 生物制药 | B+ | 前25% |
| 29 | 临床药学 | C+ | 前75% |
| 33 | 护理学 | B+ | 前25% |
| 35 | 药学 | B+ | 前25% |
| 54 | 公共事业管理 | B+ | 前25% |
| 60 | 劳动与社会保障 | B | 前50% |
| 64 | 应用心理学 | B+ | 前25% |
| 67 | 临床医学 | B | 前50% |
| 76 | 大数据管理与应用 | B | 前50% |
| 79 | 食品质量与安全 | B | 前50% |
| 82 | 制药工程 | B | 前50% |
| 123 | 市场营销 | B+ | 前25% |
| 149 | 信息管理与信息系统 | B | 前50% |
| 168 | 人工智能 | B | 前50% |
| 196 | 国际经济与贸易 | B | 前50% |
| 248 | 计算机科学与技术 | B | 前50% |
校区与规模:学校拥有仙林、汉中门、泰州三个校区,设有11个学院及多个临床医学院,开设37个本科专业,在校生约2万名,教职工2000余人。
学科实力:中药学学科进入全球前1%(ESI排名),药理学与毒理学学科进入全球前千分之一。中医学在教育部学科评估中获A类成绩,中药学连续三轮被评为国家重点学科。
师资与科研:拥有2位工程院院士、6位国医大师,建有31个国家级重点实验室,曾获4项国家科技进步奖。